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《生信全书-上篇》已更新段位1课程概述(可免费试看)

生信全书 科研书周周送 2022-04-29
位解螺旋学员,大家好!欢迎来到《生信体系课-上篇》。



《段位一: 差异表达》共包括四大知识模块:芯片数据来源与下载、芯片数据表达差异分析、测序数据来源与下载、测序数据表达差异分析。


第一个模块“芯片数据来源与下载”共有四大章节:芯片基础知识、常用芯片数据库、芯片数据的检索、芯片数据数据下载。

芯片基础知识


第一课《芯片基础知识》详细讲解了芯片(特别是表达谱芯片)的基础知识,从芯片原理到制备步骤,较为全面详细地介绍了Thermo Fisher Affymetrix(赛默飞昂飞)、Illunima(因美纳)和Agilent(安捷伦)几大生信平台表达谱芯片的特点、芯片制备和检测基本原理与步骤。零编程,适于零基础学员。


同时,课程也会重点介绍每个公司几款最常见表达谱芯片的优缺点,方便大家在后续实验或GEO数据挖掘过程中,根据研究材料、目的和性价比参考以上方面选择最合适的测序方法,并能根据芯片的特点和用途选择芯片以及测序和芯片。

GEO数据库


第二课《GEO数据库》则讲解了几个常用的芯片数据库,并重点讲解GEO数据库,包括GEO数据库概况及发展历史、GEO数据库收录的数据类型以及数据组织结构,让学员们对GEO数据库以及其中的专业术语有个初步的认识,方便以后进行数据分析时做到有的放矢。


芯片数据检索


第三课《芯片数据检索》会详细介绍GEO数据库的常用操作界面,包括GEO的简单检索,以及Entrez下的Profiles检索模式和DataSets检索模式;同时,补充介绍了ArrayExpress数据库的检索使用方法。通过综合利用两个数据库,学员们可以实现功能基因的差异表达分析,并快速挖掘出特定基因的表达数据。


芯片数据下载


第四课《芯片数据下载》首先会将按照不同数据的网页,为大家讲解GEO数据库中的Series页面数据下载、Samples页面数据下载以及Platforms页面数据下载;其次,总结了几个主要芯片平台注释文件下载策略,帮助大家解决注释文件的寻找和下载问题;最后课程亦分享了GEO数据库中寻找临床信息的策略,有助于寻找芯片数据的临床信息。


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“我一定要掌握它!

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